NGS技术是精准医疗领域的关键技术，具有通量高、灵敏度高等优势，是乳腺肿瘤分子分型、遗传诊断、疗效监测、预后判断、耐药提示以及治疗方案选择的重要依据¹。为助力临床医生将NGS报告有效转化为乳腺癌精准治疗方案，本文结合权威指南与临床研究，特邀中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授从报告质控、变异解读、治疗策略等关键环节系统梳理NGS报告解读路径，并通过虚拟病例案例进行“实战”分析，最终形成“检测—解读—决策—监测”的临床循证闭环，推动分子数据向患者实际获益转化。

根据《实体瘤常见驱动基因DNA和RNA高通量测序共检专家共识（2025版）》²，标准NGS报告应包括患者基本信息、检测结果、质控信息、变异解读等内容，还需要对检测的局限性及风险报告做必要的说明。

一、送检信息，确认报告是否“一对一”

标准NGS报告的基本信息通常包括：患者信息（如姓名、性别、年龄、住院号/门诊号等）、样本信息（如送检样本部位、送检时间、病理号/样本编号、检测样本类型等）、临床/病理诊断等²。

临床实践小tips：

基本信息在送检时应反复核对并填写完整，拿到NGS报告后再次核对。

临床实践小tips：

在核对基本信息无误后，再进行检测结果解读。

1.基因名称

中国乳腺癌患者常见基因突变发生频率：TP53（53%）、PIK3CA（44%）、AKT1（8%）、BRCA2（5%）、PTEN（7.5%）和ESR1（3%）等^3-5。

临床实践小tips：

看“基因名称”，查找您关注的基因。

2.变异类型

常见的基因突变类型包括：替换、缺失、插入、缺失插入、重复、移码。

表1.变异类型及意义

临床实践小tips：

在基因或蛋白质水平发生变化后不一定具有致病性，应结合下文AMP/ASCO/CAP等指南解读。

3.突变丰度/拷贝数

突变丰度指该位点所有等位基因中，突变等位基因的具体占比。以该NGS报告为例，突变丰度11.9%意为该位点含有11.9%的突变等位基因和88.1%的野生型等位基因，送检样本的肿瘤细胞含量是影响基因突变/重排丰度（AF/VAF）高低的重要因素之一。

根据《肿瘤二代测序临床报告解读共识》⁶，对于组织检测的NGS结果，某基因X的变异AF可通过以下算式计算：

X基因的变异AF=肿瘤细胞占比×肿瘤中X变异的克隆占比×0.5（杂合突变）

以上为变异AF的粗略计算方式，实际上还需要同时考虑拷贝数变异等干扰因素的影响。拷贝数变异结果以发生扩增或缺失后的具体拷贝数（CN）表示，正常情况下，常染色体基因拷贝n=2。当某段DNA发生缺失，则可能只有1个甚至0个拷贝；当发生重复/扩增，就可能出现3个甚至更多拷贝。在癌症中，肿瘤常伴随基因扩增或缺失并表现为拷贝数变化。

临床实践小tips：

NGS并非单细胞测序，其报告中的突变AF/VAF/频率是送检样本的”均值”。

4.突变位点

根据人类基因组变异协会（HGVS）建立的序列变异命名系统将突变内容分为三个部分：转录本、基因水平的脱氧核苷酸改变及蛋白质水平的氨基酸改变。

图1.突变位点示意图

临床实践小tips：

同一基因变异在不同基因组版本中的坐标（绝对位置）是不同的。在分析变异及报告时，必须注明参考基因组序列的组装版本号：GRCh37或GRCh38（即hg19或hg38）⁷。在此基础上，还应在报告或交流变异时，注明RefSeq转录本（基因和转录本参考序列）编号（如NM _006218.4），以确保同一变异经注释后是同样的碱基/氨基酸变异。因此，为促进临床参照的一致性，美国国家生物技术信息中心（NCBI）和欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）合作发布参考转录本数据库MANE（Matched Annotation from the NCBI and EMBL-EBI），其中MANE Select集旨在作为临床报告的通用标准，及临床报告的常用转录本编号，供临床、科研交流使用。

5.证据等级

NGS报告的核心价值在于识别“有临床意义的驱动突变”，需结合突变的功能机制、循证等级及临床意义分级，筛选高优先级靶点。应用较广泛的分级标准是在2017年由AMP/ASCO/CAP联合制定的体细胞变异解读指南⁸，其中将基因变异按照其临床意义的重要性分为Ⅰ-Ⅳ四个等级，依次由高到低：

图2.AMP/ASCO/CAP指南：基于证据的体细胞突变分类⁸

其他循证分级系统还包括分子靶点临床可操作性量表（ESCAT量表）和精准医疗肿瘤数据库（OncoKB）证据等级规则。

表2.ESCAT量表⁹

表3.OncoKB证据等级规则¹⁰

6.靶向药物

能否根据检测结果匹配有效的靶向药，是患者最为关注的问题之一。在检测出具有临床意义的基因突变后，同时确认该份NGS报告质控合格情况下，临床医生可在综合考虑患者情况后首选A类（获FDA批准或专业指南推荐）靶向药物。

临床实践小tips：

临床应根据药物适应证、临床试验入排标准、患者个人意愿等多方面进行治疗方案决策。

7.药物敏感性

部分NGS报告会根据检出的不同驱动基因变异，结合最新药物获批情况、指南与共识，罗列出对应的靶向药物应用敏感性信息。检测结果与药物关系主要分为敏感/正相关和不敏感/负相关。敏感/正相关包括敏感、可能敏感、疗效好、预后好等情况；不敏感/负相关包括耐药、可能耐药、疗效差、预后不好等情况。

一、样本质控

基因检测的质控指标包括肿瘤细胞占比、DNA/RNA提取量、测序深度等，通常与样本质量或测序质量有关。在样本送检前，应在伦理允许范围内向受检者详细说明现有检测技术的局限性，如单基因检测的准确性和检出率等；芯片、多基因测序（MPS）等检测方法的基因解读的限制和不确定性突变基因的情况等¹¹。

临床实践小tips：

样本质控结果可能会直接影响到检测结果的准确性，肿瘤细胞占比不足、平均测序深度不够、覆盖均一性不足等可能导致NGS报告出现假阴性⁶，而福尔马林固定过程中导致的化学修饰、数据分析中产生序列伪影等可能导致报告出现假阳性¹²，当检测报告的质控内容出现异常时，应及时联系病理医生或检测机构，积极采取对应措施。

临床实践小tips：

基因检测应当依据相关操作要求对实验室设置、人员培训和样本采集与保存等方面进行严格管理以提升质控结果。对于数据量不够或者平均测序深度不合格的情况，需要进行加测，保证足够数据量产出和测序深度¹³；针对DNA降解严重的样本可进行修复以提高检出率，但共识一般推荐尽量选择2年内的石蜡包埋样本，以确保检测的成功性和结果的准确性²。对于保存不规范、时间过长的组织样本应谨慎选择，必要时可可采取血液样本或其他体液样本作为补充¹⁴。

表4.NGS报告中的样本主要质控参数示例⁶

二、“全阴”就是没有基因突变吗？

根据《肿瘤二代测序临床报告解读共识》⁶，面对未能检出任何肿瘤体细胞突变的报告（即“全阴”报告），需从以下方面溯源，避免错失治疗机会。

图3.NGS“全阴”报告解读⁶

(1) 送检样本是肿瘤组织、外周血循环游离DNA（cfDNA）或其他。若为外周血样本，需评估ctDNA浓度是否达标，若ctDNA肿瘤分数≥1%，外周血ctDNA与组织NGS结果一致率为97.1%；若ctDNA肿瘤分数＜1%，应进行组织学NGS确认患者基因变异携带状态；若为组织样本，需确认肿瘤细胞占比是否≥20%（可通过病理图像分析等方法确认）^6,15-16。结合样本质控信息及患者治疗史（如患者正接受有效的抗肿瘤治疗），综合判断样本中是否含有足够肿瘤成分，是否因以上原因导致DNA总提取量低于NGS的最低检测限（LOD）并及时补送样本。

(2) 选择的NGS panel是否与患者的肿瘤类型相匹配，即该肿瘤所关注的特定变异及启动子突变是否能被该panel覆盖。若选择的NGS panel不匹配，则“全阴”结果可能并不能反映肿瘤基因组变异状态，仅能提示“基因突变状态未知”。

以上评估可以帮助我们判断，该“全阴”结果是提示“X基因野生型”可能性大，还是“X基因状态未知”可能性大。

临床实践小tips：

若一份血检报告提示“全阴”，且已确认panel覆盖区域足够，此时的“全阴”，很可能仅提示肿瘤全身负荷较低或其他原因，如患者正接受有效的抗肿瘤治疗，导致释放入血的ctDNA含量极低、未达检测平台的LOD。这种“全阴”不能反映肿瘤基因组变异状态，仅能提示“基因突变状态未知”，这种血检报告可以提供突变谱以外的其他信息，在特定场景下提示一定的预测、预后价值⁶。术后患者可等待两周再采集血样中的ctDNA，并建议在一个月后随访采样以确认阴性结果¹⁷。